造成男性泌尿系统疾病的原因多种多样。尿石症的发病有明显的地区差异，泌尿系统的梗阻、异物和感染可促进尿石形成，反之，尿石又可以是梗阻、感染的原因。
1.流行病学因素：包括年龄、性别、职业、社会经济地位、饮食成份和结构、水分摄入量、气候、代谢和遗传等因素。上尿路结石好发于20～50岁。男性多于女性。男性发病年龄为35岁。女性有两个年龄段，30岁及55岁。饮食中动物蛋白、精制糖增多，纤维素减少，促使上尿路结石形成。大量饮水使尿液稀释，能减少尿中晶体形成。相等高温环境及活动减少等亦为影响因素，但职业、气候等不是单一的因素。
2.尿液因素：形成结石物质排出过多：尿液中钙、草酸、尿酸排出量增加。长期卧床，，其它代谢异常及肾小管酸中毒等，均使尿钙排出增加。痛风，尿持续酸性，慢性腹泻使尿酸排出增加。内源性合成草酸增加或肠道吸收草酸增加，可引起高草酸尿症。 尿酸性减低，pH增高。尿量减少，使盐类和有机物质的浓度增高。尿中抑制晶体形成物质含量减少，如镁、酸性粘多糖、某些微量元素等。
3.解剖结构异常：如尿路梗阻，导致晶体或基质在引流较差部位沉积，尿液滞留继发尿路感染，有利于结石形成。
4.尿路感染：大多数草酸钙结石原因不明。磷酸钙和磷酸镁铵结石与感染和梗阻有关。尿酸结石与痛风等有关。胱氨酸结石是罕见的家族性遗传性疾病，尿中排出大量胱氨酸所致。
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