输卵管子宫内膜异位症可以发生在输卵管两个不同的解剖部位，并引起不同的后果。

（一）异位子宫内膜位于输卵管粘膜层

如病变位于输卵管峡部或间质部粘膜，管腔可以完全被子宫内膜组织阻塞，使输卵管正常功能丧失，这应与子宫内膜向输卵管间质部延伸相区别。后者不引起输卵管腔的阻塞，仅使管腔轻微偏离中心，此为正常解剖学变异。输卵管子宫内膜异位症粘膜上皮呈子宫内膜样分化，上皮下有子宫内膜间质细胞。在妊娠或外源性激素刺激下，间质细胞可呈蜕膜变，上皮细胞可呈Arias-Stella反应。输卵管粘膜内也可出现大量含铁血黄素沉积，伴组织细胞反应和纤维化，病变类似于卵巢巧克力囊肿。

（二）异位子宫内膜位于输卵管浆膜面

可导致反复病灶内出血和纤维化，引起周期性腹痛，如因疤痕收缩引起输卵管扭曲变形也可影响生育。

在输卵管肌层见到腺体和子宫内膜样间质细胞时，必须和峡部结节性输卵管炎相鉴别。如除肌层外同时伴有浆膜面异位子宫内膜组织，或者腺上皮几乎完全缺乏纤毛细胞，形态类似子宫内膜上皮，在腺体周围有间质细胞存在者，则应诊断输卵管子宫内膜异位症。