衣原体的生长发育周期分两个阶段：原生小体(elementary body)，是发育周期的感染阶段，具感染力；网状小体(initial body)，是在感染细胞内的繁殖阶段，具增殖力。在电镜下可见胞膜呈有丝分裂繁殖。

原生小体先附着于易感细胞的表面，然后通过细胞的吞噬作用进入细胞内，形成网状小体在细胞内繁殖，以后形成包涵体，同时对组织产生炎症变化而引起一系列的临床症状。衣原体的全部生长发育约48小时（有的72小时），完成生长周期后，网状小体重新组织，在一对一的基础上缩合成原生小体，后者从空泡中释放再感染其他细胞。在整个约48小时的生长发育周期中，衣原体始终处于一个吞噬体中，直到细胞严重损伤和细胞死亡。原生小体在电镜下呈球形，直径200-300毫微米，DNA紧密连接并呈锥状电子密度。分子量 6-11*105，明显小于细菌和立克次体，比病毒稍大，相当于支原体，是大的痘病毒的3-5倍。网状小体呈圆形或椭圆形。